1923 metais gyventojų surašymo duomenimis Vandžiogalos apylinkėse (valsčiuje) gyveno 3.487 lietuviai, 3.151 lenkas, 1.197 rusai, 335 žydai, 26 gudai.
Panaši padėtis buvo ir kaimyninėse Babtų apylinkėse. Prieš Pirmąjį pasaulinį karą Babtų miestelyje gyveno apie 1200 gyventojų, 80 proc. jų buvo žydai. Nepriklausomos Lietuvos laikais žydų skaičius sumažėjo. Dalis jų emigravo į JAV arba persikėlė gyventi į kitus Lietuvos miestus. 1923 m. Babtuose gyveno 153 žydai (apie 20 proc. miestelio gyventojų).
Vokiečių kariuomenė Babtus užėmė 1941 m. birželio 24 d. Miestelyje buvo atkurtos vietos valdžios įstaigos. Valsčiaus viršaičiu tapo Justinas Janušauskas, šias pareigas ėjęs ir Antano Smetonos valdymo metais; valsčiaus policijos viršininku buvo paskirtas Kazys Tribunevičius. Iš buvusių šaulių buvo suorganizuotas „partizanų“ (baltaraiščių) būrys. Jam vadovavo Stanislovas Aniulis iš Varekonių kaimo. „Partizanai“ vykdė valsčiaus viršaičio ir policijos viršininko nurodymus. Jau pirmomis okupacijos dienomis prasidėjo komunistų, komjaunuolių ir sovietinių aktyvistų areštai. Keli rusų tautybės žmonės buvo sušaudyti (tarp jų Stepanida Patyševa ir du jos sūnūs – 17 metų Leonidas ir 15 metų Pimenas).
1941 m. liepos 17 d. Babtuose buvo sušaudyti 8 komunistai ir sovietiniai aktyvistai, tarp jų 6 žydai.
Visuotinis žydų persekiojimas prasidėjo 1941 m. rugpjūčio mėn. Iš pradžių žydai buvo suregistruoti. Rugpjūčio 11 d. Babtų viršaitis informavo Kauno apskrities viršininką, kad miestelyje gyvena 93 žydai. Po kelių dienų vykdant policijos departamento direktoriaus V. Reivyčio slaptą nurodymą 34 suaugę žydai buvo suimti ir uždaryti miestelio sinagogoje. Čia pat atgabenta ir 30 Vandžiogalos žydų. Žydams taip pat buvo paskirta kontribucija. Jie sumokėjo 9 tūkst. rb. Babtų ir Vandžiogalos žydai buvo sušaudyti tarp 1941 m. rugpjūčio 28-osios ir rugsėjo 2-osios. Daugumos liudytojų teigimu, tai padaryta rugsėjo pradžioje.
Žudynių dienos rytą miestelio seniūnas į parinktą žudynių vietą Babtų šile netoli Nevėžio upės atvedė keliasdešimt Babtų miestelio ir aplinkinių vietovių vyrų ir jiems liepė iškasti apie 50 m ilgio, 1 m pločio ir 2 m gylio griovį. Jis baigtas kasti apie 14 valandą. Pabaigus kasti griovį į žudynių vietą atvyko du sunkvežimiai 1-ojo lietuvių policijos bataliono 3-iosios kuopos kareivių (apie 50 vyrų). Jiems vadovavo karininkai B. Norkus, J. Barzda ir A. Dagys. Suimtieji žydai vietinių „partizanų“ ir policininkų iš miestelio buvo atvaryti į žudynių vietą. Dalį negalinčių eiti žydų (senelius, mažamečius vaikus) atvežė vežimais. Žydai buvo išrengiami iki apatinių drabužių ir grupėmis vedami prie griovio bei veidais statomi ant griovio krašto. Pagal karininko komandą kareiviai šaudė žydams į nugaras. Prie šaudymo prisidėjo ir pora vietinių baltaraiščių. Pirmiausia buvo sušaudyti vyrai, paskui moterys, vaikai ir seneliai. Pasikeisdami šaudė visi atvykę 3-iosios kuopos kareiviai. Žudynės truko kelias valandas. Liudytojų parodymais, buvo sušaudyta apie 300–400 Babtų ir Vandžiogalos žydų. Po žudynių vietiniai ir atvykusieji žudikai išsidalijo geresnius aukų drabužius ir vertingesnius daiktus. Pagal K. Jägerio raportą, buvo sušaudyti 83 Babtų ir 252 Vandžiogalos žydai (iš viso 335 žmonės). Tai daugmaž atitinka žudynių liudytojų nurodomą aukų skaičių (300–400 žmonių). Vieno iš liudytojų parodymu, Babtų ir Vandžiogalos žydų žudynes stebėjo ir vienas vokietis su fotoaparatu.
Tie žiaurūs nusikaltimai mūsų vietovėje - tai ano meto Lietuvoje su entuziazmu priimtos nacionalistinės antisemitinės isterijos padariniai.